O BCB é submetido, de forma direta, ao controle externo de dois órgãos, com o objetivo de garantir a transparência de sua gestão. O Tribunal de Contas da União (TCU) julga as contas da instituição. A fiscalização contábil, financeira, orçamentária, operacional e patrimonial cabe à Controladoria-Geral da União (CGU). Há ainda a auditoria independente, que opina sobre as demonstrações financeiras, e auditorias de outras áreas dos poderes Executivo e Legislativo.
O BCB respondeu a 537 demandas de órgãos externos de controle, por meio de sua auditoria interna. Todas as determinações e recomendações foram ou estão sendo atendidas dentro dos prazos estabelecidos.